Avery. Neonatología Sample

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PARTE 2 • El feto como paciente

un solo gen. Actualmente hay un uso creciente de arreglos de PN que pueden detectar la pérdida de heterocigosidad (PDH) característica de un DUP. En la actualidad hay diseños de arreglos que incorporan sondas de un número de copias no polimórficas de alta calidad a lo largo de sufi- cientes sondas de PN para identificar VNC así como PDH y DUP. Hoy tiene menos errores la realización de un análisis de todo el genoma. Se ha sabido durante mucho tiempo que hay VNC significati- vas en el genoma humano sin efectos fenotípicos aparentes (2). Dado el alto grado de polimorfismos visibles citogenéticamente en el cario- tipo humano, no es de sorprender que hubiese incluso más variación dentro de individuos normales en un ámbito submicroscópico. Cuando es usada como herramienta de diagnóstico clínico, no es deseable para detectar un gran número de VNC, que más bien son benignas o repre- sentan variantes de significado clínico incierto (VSCI). Por ese motivo, los diseños de arreglos clínicos dispersan sus sondas en aquellas regiones del genoma que contienen secuencias de una sola copia y la mayor parte de las secuencias de codificación más conocidas y genes funcionales, en un intento de llevar al máximo la producción de VNC patogénicas, pero al mínimo la detección de VNC benignas encontradas en la población normal. No obstante, los MAC han sido fructíferos en la dilucidación de nume- rosos síndromes nuevos que se manifiestan como anomalías congénitas o alteraciones del desarrollo neurocognitivo, incluidos DSA (98-101). El análisis de MAC provee información adicional clínicamente importante en 1.7% (1:60) de los embarazos con indicaciones estándar de diagnós- tico prenatal (como edad materna avanzada y un resultado positivo de detección de aneuploidías). En casos de una anomalía diagnosticada por ultrasonografía se obtiene información clínicamente importante de MAC en 6.0 a 6.5% (101, 102). La incidencia total de VSCI es de 1.1 a 1.5% para todas las indicaciones (101, 102). Los pediatras han abandonado en gran parte el cariotipo como prin- cipal análisis de citogenética en favor del MAC. Algunas autoridades, incluidos los autores, consideran que el MAC debe sustituir al análisis citogenético estándar en el diagnóstico prenatal. Es evidente que la tasa de detección aumenta, pero tiene un costo. Los rearreglos cromosómicos equilibrados (translocaciones e inversiones) no se detectan por MAC, porque no hay ganancia o pérdida de material genético. Así, el nuevo rearreglo aparentemente equilibrado identificado por cariotipificación estándar se pasaría por alto; lo que podría relacionarse con algún riesgo de anomalías congénitas (103), como por la interrupción de genes en puntos de rotura. En varios estudios se encontró que, como mínimo, hay un riesgo basal de 0.5% para la identificación de una microdeleción o microdupli- cación significativa, incluso en mujeres con una exploración prenatal sin datos relevantes (29, 104). Las variantes prenatales de origen incierto (VSCI) pueden también crear retos a los padres expectantes durante el asesoramiento. Finalmente, los autores consideran que la incidencia real de encuentro de anomalías significativas por MAC que no pueden detec- tarse por el cariotipo usual o US es de al menos 1%, un umbral bastante mayor que el 0.5% que corresponde a la edad materna de 35 años. Los autores ofrecen ahora sistemáticamente a todas las pacientes, indepen- dientemente de la edad materna, una prueba de diagnóstico (preferente- mente BVC en el primer trimestre) con análisis de MAC. Diagnóstico genético preimplantatorio El diagnóstico genético preimplantatorio (DGP) corresponde a una deno- minación usada para describir el estudio de embriones humanos en un laboratorio en cuanto a trastornos genéticosmediante la obtención de una biopsia de células de un oocito o embrión humano en desarrollo obteni- do a través de un ciclo de fecundación in vitro (FIV), la valoración de la composición genética de esta muestra y el uso de la información para determinar qué embriones serán óptimos para su transferencia subsi- guiente al útero ( Fig. 10-8 ). Para parejas en riesgo de transmisión de una enfermedad genética o una aberración cromosómica a su descen- dencia, el DGP y la transferencia de embriones no afectados ofrecen una alternativa de diagnóstico prenatal además de BVC o amniocentesis, seguido por la interrupción del embarazo de un feto afectado. El DGP molecular inicialmente se empleó para precisar el sexo del embrión en parejas con riesgo de enfermedades ligadas a X. En la técnica se usó RCP para amplificar secuencias específicas del cromosoma Y por lo que

producto de una deleción de 3 Mb en la región cromosómica 22q11.2. A diferencia de las técnicas citogenéticas estándar que requieren células en la fase divisoria de metafase, la HFIS se puede aplicar a núcleos en inter- fase de las que no están en división (96), lo que evidencia la necesidad de un cultivo celular, que suele durar de 10 a 14 días ( Fig. 10-2 — HFIS). El uso de HFIS abrevia de manera significativael tiempo del procedimiento para el análisis de relaciones numéricas cromosómicas en el diagnóstico prenatal y el diagnóstico genético preimplantatorio (DGP) (97). La limitación fundamental del uso de HFIS en el contexto clínico es que en la mayor parte de los casos el clínico debe tener conocimiento previo o un alto índice de sospecha de la aberración cromosómica espe- cífica en cuestión. Microarreglos cromosómicos La limitación fundamental de HFIS, que obliga a la sospecha clínica y la selección de una sonda dirigida para una localización cromosómica espe- cífica, hace claro que se necesita un abordaje de citogenética molecu- lar de todo el genoma para detectar desequilibrios en el número de copias con una mayor resolución. En los años previos los avances en las técnicas de citogenética molecular permitieron la detección de pequeñas alteraciones genómicas (p. ej., deleciones y duplicaciones), en general denominadas “alteraciones submicroscópicas” (es decir, por debajo de la resolución de 5 a 10 Mb de la cariotipificación convencional), a una escala de todo el genoma. Algunas de estas microdeleciones o microdu- plicaciones se relacionan con síndromes clínicos bien conocidos y otros pueden tener implicaciones clínicas significativas. Estos trastornos son resultado de cambios en la cantidad de material genético del cromosoma y, por lo tanto, se denominan variantes del número de copias (VNC), que incluyen deleciones y duplicaciones en el rango de miles a millones de pares de bases. Las VNC pueden ser benignas o patológicas, dependiendo de su localización y contenido genético. Está bien documentado que tales alteraciones son una causa importante de retraso del desarrollo/ incapacidad intelectual no explicados (DD/ID), trastornos del espectro del autismo (TEA) y anomalías congénitas múltiples (ACM). En pacien- tes con estos trastornos las VNC contribuyen con 10 a 20% de los casos a pesar de resultados normales de los estudios citogenéticos convencio- nales (98). El análisis de microarreglos cromosómicos (MAC) permite el estudio simultáneo de todo el genoma para identificar deleciones y duplicaciones de 100 a 1 000 veces más pequeñas que las detectadas por el cariotipo, sin necesidad de preseleccionar la diana. En general, la técnica se basa en las propiedades de hibridación del DNA. Uno de tales abordajes es la hibridación genómica comparativa (HGC), que incluye DNA del paciente, marcado con un colorante verde, y un DNA testigo marcado con un colorante rojo, mezclados en proporciones equivalen- tes e hibridizados para un arreglo de secuencias de DNA genómicas únicas con mancha individual en una superficie. Las manchas correspondientes a las secuencias que están presentes en cantidades equivalentes en el paciente y el testigo darán una señal amarilla. Si el paciente presenta una deleción en una región específica, todas las manchas correspondien- tes a las secuencias se hibridizarán de manera desproporcionadamente mayor en el DNA del testigo y, por lo tanto, presentarán un color rojo. Por el contrario, si el paciente presenta una duplicación en una región específica todas las manchas correspondientes a la secuencia se hibridi- zarán más que su DNA y, por lo tanto, tendrán un color verde. En la ver- sión más temprana de la hibridación genómica comparativa (HGC), ambos DNA se hibridizaron en cromosomas metafásicos normales en una laminilla y se analizaron bajo un microscopio de fluorescencia. Hoy se usa un arreglo de mayor resolución de HGC (también denominado de “fragmentos de DNA”) donde los DNA se hibridizan con una micromatriz que contiene sondas correspondientes a regiones específicas del genoma. Se encuentra en uso clínico una variedad de diferentes sondas que inclu- yen a las grandes, derivadas de cromosomas bacterianos artificiales (CBA), pequeñas, de secuencias de oligonucleótidos (oligoarreglos), e incluso todavía más pequeñas, de arreglos de polimorfismos de nucleó- tidos (PN). Las primeras HGC de arreglos contenían cientos a miles de sondas de CBA con casi 1 Mb de separación, lo que permitía la detección de VNC con dimensiones mayores de 1 Mb. La tecnología más reciente se basó en cientos de miles de pequeñas sondas de oligonucleótidos más pequeños y densos, que aportaron una resolución de hasta 50 a 100 kb, que permitía la detección de duplicaciones y deleciones que afectan a

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