I den Periode, der fuigte nærmest efter det her beskrevne Tidsrum, begyndte Havnen
saa smaat at skifte Udseende. Opfyldningen af Strandgrundene truede Havnen med Øde
læggelse, og for at forhindre saadan ulovlig Opfyldning paalagde Christian I Borgerne at
sætte Bolværk for deres Gaarde og Grunde ved Stranden; Mandskab fra Skibene, der hav
de overvintret i Havnen, skulde tage deres Del af Arbejdet. Samtidig blev Forbudet mod
at kaste Ballast i Havnen indskærpet, noget, der viser, at Overtrædelser sikkert har fun
det Sted.
Større Skibe har allerede dengang maattet søge Ankerplads uden for den egentlige
Havn, Nord og Syd for den nuværende Knippelsbro, ude i Rævshaledybet, der har dannet
en ret godt beskyttet Red.
I Aarene fra 1490 til 1512 blev der foretaget omfattende Ombygninger og Udvidelser
af Københavns Befæstninger. I de urolige Tider skulde Byen gøres til Landets
stærkeste Fæstning, og den nyskabte Orlogsflaade fik sit Hjemsted i dens Havn. Flaadens
Hovedværft har sikkert allerede fra Kong Hans’s Tid ligget paa Bremerholm; her blev
i 1510 opført en Skanse. Det har sikkert gavnet Havnens Trafik, at Liibeck efter Gre
vens Fejde ikke længere kunde bevare sin dominerende Stilling i Østersøhandelen; i hvert
Fald viste mange Træk, at den gamle Havn efterhaanden var blevet for lille.
I 1536
skænkede Christian III Grønnegaards Havn til Vinterhavn for Københavns Borgere.
Dette dybe Havneparti havde en udmærket Beliggenhed i Læ af Rævshalens Nordvest
kyst, omtrent hvor nu Christianskirken og Holms Plads ligger. Senere skænkede samme
Konge en Grund ved det nuværende Boldhusgade til Losse- og Ladeplads for Byen. At
denne Grund nu var blevet opfyldt, kan staa i Forbindelse med, at Dybet ikke eksiste
rede mere; Fæstningsværkerne omkring Byen var blevet forlænget fra Østerport, ud for
Østergade, over det opfyldte Løb mellem Bremerholm og Byen og vistnok over Bremer
holm helt hen til Gamleboddyb. Ogsaa et Ladested og en Bradebænk, et Sted, hvor Ski
bene kunde hales op og tjæres, skænkede Christian III til København. Begge Dele laa paa
Skarnholmen, hvor nu Thorvaldsens Museum staar. Om Havnens voksende Betydning
som Orlogshavn fortæller Opførelsen paa Bremerholm af den Admiralsgaard, hvorefter
Admiralgade har Navn, og af et Tøjhus paa Strandholmens Østkyst.
I Slutningen af Frederik IFs Regeringstid skete nye Forandringer; de første Stenbol
værker sattes i Havnen, og Valkendorf lod opføre et nyt Vejerhus paa opfyldt Grund
ved Gammel Strand. Og nu fulgte den Tid under Christian IV, i første Halvdel af det 17.
Aarhundrede, der mere end nogen anden skulde komme til at præge Havnens Udseende
og Udvikling gennem lange Tidsrum.
320